DNA triipkoodistamise teenus

Elurikkuse ja selle muutuste kirjeldamiseks on vajalik võimekus organisme võimalikult täpselt ning aja- ja kuluefektiivselt liigini määrata. Tänapäeval tugineb see valdavalt molekulaarsetele meetoditele, millest levinuim on valitud geenilõikude sekveneerimine ja DNA järjestuste võrdlus andmebaasides talletatutega ehk DNA triipkoodistamine.

TÜ loodusmuuseumi DNA triipkoodistamise labor pakub koostöös Tartu Ülikooli ökoloogia ja maateaduste instituudiga liikide molekulaarse määramise teenust kõigile sellest huvitatud osapooltele, mh Eesti loodusteaduslikele kogudele, taksonoomia, ökoloogia, liikide registreerimise ja seire, aga ka taimekaitse ja meditsiini valdkonnas tegelevatele uurimisrühmadele, asutustele ning harrastajatele Eestis ja kogu maailmas.

Koostöö loodusmuuseumi elurikkuse digiarhiivide töörühmaga tagab molekulaarlabori töövoo digitaalse dokumenteerimise ning võimaluse DNA järjestuste ja nende metaandmete talletamiseks PlutoF ühises andmeruumis. Pakkudes lahendusi organismide molekulaarseks määramiseks ja DNA põhiste esinemiskirjete avaldamiseks eElurikkuse ja GBIF andmeportaalides, aitab koostöö kaasa kvaliteetse DNA triipkoodide võrdlusandmestiku täiendamiseks nii Eesti kui globaalsel tasandil. Labori tegevus panustab ka Eesti osalusse rahvusvahelistes koostöövõrgustikes, nt maailma eluslooduse triipkoodistamise konsortsiumis (iBOL, https://www.ibol.org), seda läbi üleeuroopalise triipkoodistamise keskuse (iBOL Europe, https://iboleurope.org/), mille üheks partneriks on Tartu Ülikool.

Pakutavad teenused:

DNA järjendamine ja organismide määramine

Võtame vastu erinevat tüüpi materjali:

Erinevad organismid, nende osad, koeproovid, nii värskel kui erineval moel säilitatud kujul.

Võimalik on tellida erinevat tüüpi analüüse koos või eraldi:

• DNA eraldamine
• Ühe või mitme geenilõigu amplifitseerimine (PCR)
• DNA järjendamine
• DNA järjestuste alusel organismi määramine
• DNA järjestuste ja proovide leiuandmete andmebaasistamine
• DNA põhise taksoni esinemise kirje avaldamine

Kõikide läbiviidud etappide kohta esitatakse tellijale kirjalik raport.

Kontakt ja hinnakiri

Töö hind sõltub määramiseks üle antavate proovide olemusest (vanus, seisund jne), millest lähtuvalt valitakse sobiv DNA eraldamise ja PCR metoodika. Suurema arvu proovide analüüsil on hind proovi kohta madalam kui üksikute proovide käitlemisel.
DNA eraldusest kuni taksonite määramiseni ühe geeni põhjal:

1. 1-24 proovi - 30 eur + km / proov; iga järgnev geen samast proovist +5 eur + km
2. 24-96 proovi - 25 eur + km / proov; iga järgnev geen samast proovist +5 eur + km